Kabupaten Malaka dibagi menjadi 12 kecamatan, antara lain:
Botin Leobele
Io Kufeu
Kobalima
Kobalima Timur
Laen Manen
Malaka Barat
Malaka Tengah
Malaka Timur
Rinhat
Sasita Mean
Weliman
Wewiku
Betun adalah ibukota Kabupaten Malaka, Nusa Tenggara Timur, Indonesia. Selain Kota Atambua, kota ini juga merupakan salah satu tempat penampungan para pengungsi dari Timor Leste, yang mengungsi karena konflik antar-negara Indonesia dan Timor Leste pada tahun 1999-2006. Kota Betun adalah kota kecil yang terletak di Timor Barat. Kota ini diresmikan sebagai ibukota Kabupaten Malaka sejak Kab. Malaka diresmikan.