
Kabupaten Kudus terdiri atas 9 kecamatan, yang dibagi lagi atas 123 desa dan 9 kelurahan. Pusat pemerintahan berada di Kecamatan Kota Kudus. Kudus adalah kabupaten dengan wilayah terkecil dan jumlah kecamatan paling sedikit di Jawa Tengah,sehingga seharusnya menjadi Kota bukan Kabupaten. Kabupaten Kudus terbagi menjadi 3 wilayah pembantu bupati (kawedanan), yaitu: (1) Kawedanan Kota (Kec. Kota Kudus, Jati dan Undaan). (2) Kawedanan Cendono (Kec. Bae, Dawe, Gebog dan Kaliwungu). (3) Kawedanan Tenggeles (Kec. Mejobo dan Jekulo). Rencana kedepan, akan ada kecamatan baru yaitu Kecamatan Kota Kudus Barat, Kota Kudus Timur dan Kecamatan Muria yang merupakan pemecahan dari Kecamatan Dawe. Sedangkan untuk Kecamatan Jekulo, akan dipersiapkan sebagai Ibukota Kabupaten Kudus, untuk Kota Kudus tetap beribukota di Kota Kudus. Kecamatan : Bae • Dawe • Gebog • Jati • Jekulo • Kaliwungu • Kota • Mejobo • Undaan
Dahulu Kota Kudus bernama Kota Tajug. Disebut Tajug karena di daerah tersebut terdapat banyak Tajug, Tajug merupakan bentuk atap arsitektur tradisional yang sangat kuno dipakai tujuan keramat. Tajug dahulunya dijadikan tempat bersembahyang warga Hindu di daerah tersebut. Dengan demikian kota Tajug dulunya sudah memiliki sifat kekeramatan tertentu, kota ini dianggap suci bagi warga setempat yang merupakan beragama Hindu.
Ja'far Shadiq (Sunan Kudus) tidak menghilangkan makna kekeramatan dan kesucian kota Tajuk, terbukti Ja'far Shadiq (Sunan Kudus) menamai kota tersebut dengan nama Kota Kudus berasal dari bahasa Arab yang berarti Suci. Kudus bukan satu-satunya kabupaten yang menyandang nama Arab di Tanah Jawa karena Kabupaten Demak dan Kabupaten Kendal juga berasal dari Bahasa Arab.Pada mulanya Sunan Kudus yang sedang mencari ilmu di Arab ,tepatnya di Palestina, di kota Yerusalem menghadapi sebuah wabah, lalu ditugaskan pemimpin daerah itu untuk menghentikannya, dan berhasil memusnahkan wabah tersebut.
Atas nama balas budi, pemimpin daerah itu memberi tanah kepada dia, tapi dia menolak. Sunan Kudus lebih suka membina tanah di tanah jawa, lalu pemimpin daerah itu memberi sebuah piagam batu, sebagai tanda hadiah kepemilikan tanah. Setelah pulang ke jawa, Sunan Kudus berdakwah di Kota Tajug (nama Kota Kudus sebelum islam), lalu berdakwah, dan membangun masjid di sana. Kini masjid itu dikenal sebagai Masjid Menara Kudus, dan piagam kepemilikan tanah itu ditempatkan di atas mihrab, dan menandai berdirinya Kota Kudus. Sebenarnya disebut Al-Quds, tapi karena lidah orang Jawa, cukup disebut Kudus saja.