Kabupaten Boalemo dengan ibu kota Tilamuta merupakan kabupaten hasil pemekaran Kabupaten Gorontalo pada tahun 1999. Kabupaten Boalemo dibentuk pada tanggal 12 Oktober 1999 berdasarkan Undang-Undang Nomor 50 Tahun 1999 yang telah diubah dengan Undang-Undang Nomor 10 Tahun 2000 tentang Pembentukan Kabupaten Boalemo.Kemudian secara resmi Kabupaten Boalemo berdiri setelah diundangkannya pada tanggal 12 Oktober 1999. Pada saat berdiri Kabupaten Boalemo meliputi 5 wilayah kecamatan, yaitu; Kecamatan Paguat, Kecamatan Marisa, Kecamatan Popayato, Kecamatan Paguyaman, Kecamatan Tilamuta,. Melihat perkembangan dan dinamika masyarakat Boalemo yang terjadi, serta Provinsi Gorontalo telah terbentuk maka pada tahun 2003 Boalemo dimekarkan lagi. Pada tanggal 27 Januari 2003 Kabupaten Pohuwato berdiri, wilayah ini tadinya merupakan bagian dari Kabupaten Boalemo yang meliputi Lima kecamatan, yakni: Lemito, Marisa, Paguat,
Popayato, dan Randangan menjadi wilayah Kabupaten Pahuwato dengan luas ± 4.244,31 km², serta berpenduduk 88.796 jiwa, dengan tingkat kepadatan penduduk 20,92 jiwa /km² pada tahun 1997.
Pembentukan Kabupaten Pohuwato sekaligus mengakhiri polemik ditengah masyarakat Kabupaten Boalemo, sebab di dalam Pasal 7 Undang-Undang Nomor 50 tahun 1999 menyebutkan bahwa Kabupaten Boalemo dalam jangka waktu lima tahun harus memindahkan ibu kotanya dari Tilamuta ke Marisa. Ada pun daftar lengkap nama kecamatan serta desa/ kelurahan yang ada di Kabupaten Boalemo hingga saat ini (September 2011) adalah sebagai berikut.
Botumoito, terdiri atas 9 desa, yaitu: (1) Bolihutuo; (2) Botumoito; (3) Dulangeya; (4) Hutamonu; (5) Patoameme; (6) Potanga; (7) Rumbia; (8) Tapadaa; dan (9) Tutulo.
Dulupi, terdiri atas 8 desa, yaitu: (1) Dulupi; (2) Kotaraja; (3) Pangi; (4) Polohungo; (5) Tabongo; (6) Tanah Putih; (7) Tangga Barito; dan (8) Tangga Jaya.
Mananggu, terdiri atas 9 desa, yaitu: (1) Bendungan; (2) Buti; (3) Kaaruyan; (4) Keramat; (5) Mananggu; (6) Pontolo; (7) Salilama; (8) Tabulo; dan (9) Tabulo Selatan.
Paguyaman, terdiri atas 23 desa, yaitu: (1) Balate Jaya; (2) Batu Kramat; (3) Bongo; (4) Bongo Tua; (5) Bualo; (6) Diloato; (7) Girisa; (8) Hulawa; (9) Huwongo; (10) Karya Murni; (11) Kuala Lumpur; (12) Molombulahe; (13) Mustika; (14) Mutiara; (15) Permata; (16) Rejonegoro; (17) Saripi; (18) Sosial; (19) Sumber Jaya; (20) Tangkobu; (21) Tenilo; dan (23) Wonggahu.
Paguyamanpantai, terdiri atas 8 desa, yaitu: (1) Apitalawu; (2) Bangga; (3) Bubaa; (4) Bukit Karya; (5) Limbatihu; (6) Lito; (7) Olibu; dan (8) Towayu.
Tilamuta, terdiri atas 12 desa, yaitu: (1) Ayuhulalo; (2) Bajo; (3) Hungayonaa; (4) Lahumbo; (5) Lamu; (6) Limbato; (7) Modelomo; (8) Mohungo; (9) Pentadu Barat; (10) Pentadu Timur; (11) Piloliyanga; dan (12) Tenilo.
Wonosari, terdiri atas 16 desa, yaitu: (1) Dimito; (2) Dulohupo; (3) Harapan; (4) Jati Mulya; (5) Makmur; (6) Mekar Jaya; (7) Pangea; (8) Raharja; (9) Sari Tani; (10) Sejahtera; (11) Suka Maju; (12) Suka Mulia; (13) Tanjung Harapan; (14) Tri Rukun; (15) UPT SP1; dan (16) UPT SP2.
