Kabupaten Pekalongan adalah sebuah kabupaten di Provinsi Jawa Tengah. Ibukotanya adalah Kajen. Kabupaten ini berbatasan dengan Laut Jawa dan Kota Pekalongan di utara, Kabupaten Batang di timur, Kabupaten Banjarnegara di selatan, serta Kabupaten Pemalang di barat. Pekalongan berada di jalur pantura yang menghubungkan Jakarta-Semarang-Surabaya. Angkutan umum antarkota dilayani oleh bus dan kereta api (di Kota Pekalongan). Kabupaten Pekalongan terdiri atas 19 kecamatan, yang dibagi lagi atas sejumlah 272 desa dan 13 kelurahan. Pusat pemerintahan berada di Kecamatan Kajen. Kajen, dulunya merupakan kota kecamatan yang telah dikembangkan menjadi ibukota kabupaten yang baru, menggantikan Pusat Pemerintahan Kabupaten Pekalongan yang berlokasi di Jl. Nusantara Nomor 1 Kota Pekalongan. Kepindahan Ibukota Kabupaten Pekalongan ke Kajen, dilaksanakan pada tanggal 25 Agustus 2001, walaupun SK Mendagri sudah diterbitkan pada tahun 1996. Hal ini terkait dengan pembangunan sarana dan prasarana fasilitas pemerintah di Kota Kajen yang dilaksanakan secara bertahap.
Kecamatan di Kabupaten Pekalongan adalah:
Bojong
Buaran
Doro
Kajen
Kandangserang
Karanganyar
Karangdadap
Kedungwuni
Kesesi
Lebakbarang
Paninggaran
Petungkriono
Siwalan
Sragi
Talun
Tirto
Wiradesa
Wonokerto
Wonopringgo
Kata Pekalongan berasal kata kalong, yang berarti "kelelawar" dalam bahasa Jawa. Menurut legenda, Raden Bahu (bupati Kendal I), seorang abdi dalem Sultan Agung, diberi perintah oleh Sultan Agung untuk membangun sebuah daerah di sebelah barat Kota Kendal,Raden Bahu pun melakukan tapa ngalong (bertapa seperti kelelawar) di daerah ini.
Bagian utara Kabupaten Pekalongan merupakan dataran rendah; sedang di bagian selatan berupa pegunungan, bagian dari rangkaian Dataran Tinggi Dieng. Sungai-sungai besar yang mengalir diantaranya adalah Kali Sragi dan Kali Sengkarang beserta anak-anak sungainya, yang kesemuanya bermuara ke Laut Jawa. Kajen, ibukota Kabupaten Pekalongan, berada di bagian tengah-tengah wilayah kabupaten, sekitar 25 km sebelah selatan Kota Pekalongan.
