Kabupaten Nunukan adalah salah satu kabupaten di Kalimantan Utara, Indonesia. Ibu kota kabupaten ini terletak di kota Nunukan. Kabupaten ini memiliki luas wilayah 14.493 km² dan berpenduduk sebanyak 140.842 jiwa (hasil Sensus Penduduk Indonesia 2010). Motto Kabupaten Nunukan adalah "Penekindidebaya" yang artinya "Membangun Daerah" yang berasal dari bahasa Tidung. Nunukan juga adalah nama sebuah kecamatan di kabupaten ini.Kabupaten Nunukan merupakan wilayah pemekaran dari Kabupaten Bulungan, Kalimantan Utara. Pembentukan kabupaten ini berdasarkan pertimbangan luas wilyah, peningkatan pembangunan, dan peningkatan pelayanan kepada masyarakat. Pemekaran Kabupaten Bulungan di pelopori oleh R.A. Besing yang pada saat itu menjabat sebagai bupati.
Pada tahun 1999, pemerintah pusat memberlakukan otonomi daerah dengan didasari Undang-undang Nomor 22 tahun 1999 tentang Pemerintahan Daerah. Dengan dasar inilah dilakukan pemekaran pada Kabupaten Bulungan menjadi 2 kabupaten baru lainnya, yaitu Kabupaten Nunukan dan Kabupaten Malinau.
Pemekaran Kabupaten ini secara hukum diatur dalam UU Nomor 47 Tahun 1999 tentang Pembentukan Kabupaten Nunukan, Kabupaten Malinau, Kabupaten Kutai Timur, Kabupaten Kutai Barat dan Kota Bontang pada tanggal 4 Oktober 1999. Dengan dasar UU Nomor 47 tahun 1999 tersebut Nunukan resmi menjadi kabupaten dengan 5 wilayah administratif, yakni:
Kecamatan Lumbis
Kecamatan Sembakung
Kecamatan Nunukan
Kecamatan Sebatik
Kecamatan Krayan
Sejak tahun 2012, kabupaten ini merupakan bagian dari Provinsi Kalimantan Utara, seiring dengan pemekaran provinsi baru tersebut dari Provinsi Kalimantan Timur.
Pemekaran Kota Sebatik yang merupakan pemekaran dari Kabupaten Nunukan masih menunggu putusan dari DPR RI sedangkan usulan pemekaran Kabupaten Bumi Dayak Perbatasan, Kabupaten Krayan dan Kota Nunukan yang merupakan pemekaran dari Kabupaten Nunukan masih menunggu putusan DPRD Kabupaten Nunukan.
