
Taman Nasional Bunaken memiliki ekosistem terumbu karang yang sangat kaya. Terdapat sekitar 390 spesies terumbu karang di wilayah ini. Spesies alga yang dapat ditemui di Taman Nasional Bunaken adalah Caulerpa, Halimeda dan Padina, sementara spesies rumput laut yang banyak ditemui adalah Thalassia hemprichii, Enhallus acoroides, dan Thalassaodendron ciliatum. Taman Nasional Bunaken juga memiliki berbagai spesies ikan, mamalia laut, reptil, burung, moluska dan mangrove. Sekitar 90 spesies ikan tinggal di perairan wilayah ini. Di daratan, pulau ini kaya akan Arecaceae, sagu, woka, silar dan kelapa. Selain itu, Taman Nasional Bunaken juga memiliki spesies hewan yang tinggal di daratan, seperti rusa dan kuskus. Hutan mangrove di taman ini menjadi habitat bagi kepiting, lobster, moluska dan burung laut.

Taman Nasional Bunaken secara resmi didirikan pada tahun 1991 dan merupakan salah satu taman laut pertama Indonesia. Pada tahun 2005, Indonesia mendaftarkan taman nasional ini kepada UNESCO untuk dimasukan kedalam Situs Warisan Dunia. Meskipun memiliki status taman nasional dan mendapat pendanaan yang cukup, taman ini mengalami degradasi kecil akibat penambangan terumbu karang, kerusakan akibat jangkar, penggunaan bom dan sianida dalam menangkap ikan, kegiatan menyelam dan sampah. World Wildlife Fund (WWF) memberikan bantuan konservasi sebagai bagian dari "Sulu Sulawesi Marine Eco-region Action Plan". Konservasi meliputi patroli, yang berhasil mengurangi penggunaan bom dalam menangkap ikan.