Kabupaten Kepulauan Yapen adalah salah satu kabupaten di provinsi Papua, Indonesia. Ibukota kabupaten ini terletak di Serui. Kabupaten ini dahulu bernama Kabupaten Yapen Waropen, yang dibentuk berdasarkan Undang-Undang Nomor 12 Tahun 1969 tentang Pembentukan Provinsi Otonom Irian Barat dan Kabupaten-kabupaten Otonom di Provinsi Irian Barat. No. Distrik Desa/Kampung
1 Angkaisera Adiwipi, Aitiri, Ambai I, Ambai II, Ambai III, Borai, Kabuaena, Kainui I, Kainui II, Kawipi, Kontinuai, Menawi, Ransarnoni, Roipi, Rondepi I, Rondepi II, Saweru, Umani, Wadapi, Wamori, Wanampompi, Waniwon, Wawuti, Yapanani
2 Poom Asai, Kaonda, Karawi, Makiroan, Munggui, Poom I, Poom II, Rarisi, Rosbori, Saruman, Serewen, Waisani, Windesi, Worioi
3 Yapen Barat Aibondeni, Ansus, Dumani, Kairawi, Kanaki, Miosnum, Natabui, Papuma, Sasawa, Warabori, Webi, Wimoni, Woinap, Wooi
4 Yapen Selatan Ambaidiru, Anataurei, Ariepi, Aromarea, Banawa, Famboaman, Kamanap, Kanawa, Mambo, Mantembu, Mariadei, Mariarotu, Pandoami, Pasir Hitam, Pasir Putih, Sarawandori, Serui Jaya, Serui Kota, Serui Laut, Tarau, Tatui, Tn
#Lihat pula : Sebelas Pilkada Serentak Propinsi Papua 2017
Dalam perkembangannya terdapat aspirasi masyarakat Kabupaten Yapen Waropen yang menginginkan adanya perubahan nama dari kabupaten tersebut menjadi Kabupaten Kepulauan Yapen. Keinginan perubahan nama menjadi Kabupaten Kepulauan Yapen dilatarbelakangi oleh telah dibentuknya Kabupaten Otonom Waropen sebagai pemekaran dari Kabupaten Yapen Waropen berdasarkan Undang-Undang Nomor 26 Tahun 2002, sehingga agar tidak terjadi duplikasi nama perlu ditinjau adanya perubahan nama Kabupaten Yapen Waropen menjadi Kabupaten Kepulauan Yapen, selain itu secara geografis daerah ini merupakan wilayah yang terdiri dari gugusan pulau. Akhirnya berdasarkan Peraturan Pemerintah Nomor 40 Tahun 2008, nama Kabupaten Yapen Waropen diubah namanya menjadi Kabupaten Kepulauan Yapen.
